Ten gevolge van de brand in 1950,was ook het volledige interieur verbrand.
Om alles te vervangen door nieuw gefabriceerde onderdelen,was geen goede optie i.v.m.het historische karakter van het gebouw. De toenmalige verantwoordelijken zijn in het land op zoek gegaan naar authentieke materialen die in de Koepelkerk zouden passen.
Deze speurtocht had tot resultaat dat de preekstoel werd gekocht van een kerk te Hoogvliet,omdat daar werd gekozen om het interieur te moderniseren.
In het Noordhollandse Graft werden de banken aangekocht die een plaats hebben gekregen in het achterste gedeeltevan de kerk,alsmede het zgn. doophek en de officiersbanken.
Gecombineerd met nieuwe banken in het middenvak ontstond zodoende een harmonisch geheel.
In de ramen werden vervolgens gebrandschilderde ramen aangebracht met daarin de wapens van de Burgerlijke gemeente Willemstad,de Provincie Noord-Brabant,Het Huis van Oranje,Polder de Ruigenhil en Polder Heijningen en de toenmalige Hervormde Gemeente(nu Protestantse Gemeente) Willemstad.Laatstgenoemde wapen is hierbij afgebeeld en symboliseert “Het penningske van de weduwe”(Marcus 12:41-44)
